Dotado de virtudes e ardor apostólico, passou por uma difícil crise religiosa entre 1562 e 1563, após a morte prematura do irmão Federico. Apesar de riquíssimo e único herdeiro dos bens paternos, o jovem cardeal buscou, com incansável rigor, a perfeição e a santidade. Começou a jejuar com pão e água um dia por semana e a passar longas horas em oração.

Aos 27 anos, São Carlos foi nomeado arcebispo de Milão, onde se consagrou como pastor incansável, percorrendo íngremes caminhos. Começou sua residência na diocese com vários atos de desinteresse e generosidade, renunciando a cargos e a suas ricas rendas. Em 1861, o historiador leigo Francesco Cusani escreveu: «Carlo começou com um luminoso exemplo de desinteresse, renunciando a uma renda anual de um milhão e trezentas mil liras, proveniente de feudos, benefícios e pensões que lhes foram doadas pelo Papa. Utilizou esse dinheiro para benefício público, em parte empregando-o para a ereção de úteis e grandiosos edifícios».

Praticava freqüentes peregrinações, principalmente, aos santuários de Nossa Senhora. Em suas viagens e atividades apostólicas, deixava em toda parte vestígios de santidade e anúncio da Boa Nova. Distinguiu-se na catequese pela fundação de 740 escolas catequéticas, freqüentadas por mais de 40.000 catequizandos sob a orientação de 2000 catequistas leigos por ele preparados.

São Carlos Borromeo interferiu na vida social de seu tempo com habilidade e sabedoria, reformando costumes e combatendo as injustiças dos poderosos contra os humildes. Ele participou no Concílio de Trento e suas idéias foram bem acolhidas, tornando-se parte do patrimônio de nossa igreja.

A sua figura está historicamente relacionada também com as numerosas obras assistenciais organizadas em Milão durante a duríssima carestia de 1570 e, sobretudo, no período da terrível peste (1576-1577) que, ainda hoje, é conhecida como a “peste de São Carlos”. Foi canonizado ao 1º de novembro de 1610.

São Carlos, exemplo de paciência, constância, caridade e ardor apostólico, foi escolhido por João Batista Scalabrini como patrono e protetor das congregações missionárias das Irmãs e Padres, fundadas por ele.